A Assessoria pedagógica faz parte da organização da Pró-Reitoria de Ensino do Instituto Federal Farroupilha e está diretamente ligada à Direção de Ensino e Coordenação Geral de Graduação. Desenvolve suas ações de forma articulada com o as demais setores do ensino atuantes na PROEN, como também, tem o trabalho articulado com o as Assessorias Pedagógicas dos Campi e Núcleos Pedagógicos Integrados.

Atualmente a Assessoria Pedagógica está organizada em pastas conforme a necessidade de atuação, estando organizada em: Assessoria Pedagógica dos Cursos Técnicos, Assessoria Pedagógica dos Cursos de Graduação e Assessoria pedagógica da Educação a Distância. Todas as pasta trabalham de forma articulada e respondendo as questões mais amplas de forma coletiva.

A finalidade do trabalho desenvolvido pela Assessoria Pedagógica está em auxiliar e orientar para a inovação e aperfeiçoamento do processo educativo e zelar pela correta execução da política educacional do Instituto Federal Farroupilha. Além disso, tem a finalidade de acompanhar e desenvolver estratégias juntamente com a comunidade acadêmica, de garantir a eficiência e a eficácia das propostas pedagógicas e atividades do ensino. Cabe ainda a assessoria, manter-se atualizada das legislações educacionais vigentes e das normativas institucionais, mantendo o diálogo constante com as Assessorias Pedagógicas do Campi, para atualização e regularização das ações que envolvem o ensino e aprendizagem nos cursos técnicos e superiores.

As atividades da Assessoria Pedagógica perpassa pelo desenvolvimento e operacionalização de estratégias acadêmicas que venham ao encontro do qualidade de ensino nos diversos níveis, formas, graus e modalidades da educação profissional, atendendo sempre aos princípios da legalidade e da eticidade, norteado pelo regimento geral e estatutário da reitoria do Instituto Federal Farroupilha, articulando  as ações educativas juntamente com os demais setores e serviços das Pró-reitorias e Campi.