A Incubadora tem por finalidade estruturar o processo de Incubação de empresas de base tecnológica por meio do desenvolvimento da cultura empreendedora, estando também incumbida de apoiar empreendedores de base tecnológica, nas fases de Pré-Incubação, Incubação e Pós-Incubação, propiciando ambiente e condições de funcionamento apropriado.

Três campi possuem empresas em processo de Incubação no IFFAR, são eles:

- Jaguari

- Panambi

- Santa Rosa